Banankrigen
Da Joe Bonanno manglede, mistede Kommissionen snart sin tålmodighed, og regnede sandsynligvis, at de blev spillet af den undvigende chef. De styrede, at Bonanno ikke længere ville blive betragtet som lederen af hans familie og udnævnt til Capo Gaspar Digregorio den nye chef. (Digregorio havde sit eget oksekød med Bonanno for tidligere at nægte ham stillingen som familie rådgiver, som han følte, at han fortjente. I stedet havde Bonanno udnævnt sin egen søn Bill.) Familiemedlemmer tog sider og opdelte i to lejre, Bonanno-loyalisterne ledet af Bill Bonanno og den kommissionsstøttede fraktion ledet af Digregorio.
Bonanno -familien, politiets liste
Harske ord førte snart til væbnede skirmish på gaderne i New York. De andre familier rynkede på disse offentlige udbrud. Banankrigen henledte uønsket opmærksomhed på pøbelen og var i sidste ende dårlig for alles forretning. De ville have det stoppet. Digregorio opfordrede til, at en sit-down skulle sammensætte en fredsaftale. Repræsentanter fra begge sider blev enige om at mødes i et hus på Troutman Street i Brooklyn efter mørke. Digregorio og hans mænd ankom først, men kompromis var ikke på deres sind. Så snart Bill Bonanno dukkede op, åbnede Digregorios mænd ild med haglgevær og rifler. Bonanno og hans mænd gengældte og skyder ind i mørket ved deres usete angreb. Over 100 runder blev fyret, og af et eller andet mirakel døde ingen.
Joe Bonanno tilbød derefter Kommissionen en aftale om at afslutte volden. Han ville opgive sin påstand om familien og trække sig tilbage til Arizona, hvis Kommissionen ville acceptere sin søn Bill og svoger Frank Labruzzo som chef og underboss. Kommissionen så lige gennem sit tilbud, vel vidende om, at Joe Bonanno ville forblive i kontrol, selvom han ikke havde titlen. De kom tilbage med et tællertilbud: Bonanno kunne gå på pension med sit liv, men Kommissionen ville navngive den næste boss-Digregorio.
Krigen fortsatte . Joe Bonanno dukkede op igen i maj 1966 - 19 måneder efter hans påståede kidnapning - faldt derefter hurtigt ud af syne igen. Kommissionen blev utålmodig med Digregorios ineffektive bestræbelser på at krænke Bonanno -loyalisterne, så de erstattede ham med nogen, de følte kunne gøre jobbet, Paul Sciacca. Men Bonannos mænd kæmpede som guerillaer. Tre af Sciaccas mænd blev slået ned af maskingevær-ild inde i en Queens-restaurant. Kampene eskalerede, og hver side mistede yderligere fem mænd.
Joseph Bonnano
Endelig i 1968 led Joe Bonanno et stort hjerteanfald. Han fløj til Arizona og oplyste Kommissionen om, at han trak sig tilbage, denne gang for godt. Kommissionen var naturligvis på vagt over for alt, hvad Bonanno gjorde eller sagde, men efterhånden som tiden gik, faldt skyderiet, og den revne familie accepterede til sidst Sciacca som deres leder. Han blev senere efterfulgt af Natale Evola, der blev efterfulgt af Philip 'Rusty' Rastelli.
Julevevola
Både Joe og Bill Bonanno skrev bøger om deres mafia -oplevelser. Sådanne offentlige oplysninger var alvorlige krænkelser af Omerta, Mafia-koden for tavshed og især overraskende at komme fra disse selvudnævnte 'æresmænd.' Det er generelt aftalt, at disse tomes maler et billede af den måde, far og søn ønskede, at tingene havde været i modsætning til måde, de faktisk var. Bonannos samarbejdede også med forfatter Gay Talese for sin bog om forbrydelsesfamilien, Ær din far .
Jerry Capeci i Den komplette idiot guide til mafiaen Citater FBI -agent Bill Roemer, der havde mange forhold til Bonanno i Arizona. Roemer kaldte Bonanno 'en konstant whiner', der 'ikke lever op til den' tradition ', han taler om så meget i sin bog.' '
I 2002 døde Joe Bonanno af naturlige årsager i Tucson. Han var 97 år gammel.
