De første år
Chicagos irske indbyggere og Mr. og fru John Wayne Gacy markerede dagen med fest. Det var St. Patrick's Day og Marion Elaine Robinson Gacy og John Wayne Gacy, sr. Velkom deres første søn i verden på Edgewater Hospital i 1942. John Wayne Gacy, Jr. var den anden af tre børn. Hans ældre søster Joanne blev født to år før ham, og to år senere kom hans yngste søster Karen. Alle Gacy -børnene blev opvokset katolsk, og alle tre deltog i katolske skoler, hvor de boede på den nordlige side af Chicago.
The neighborhood in which Gacy grew up was middle class and it was not uncommon for young boys to take on part-time jobs after school. Gacy was no exception and he busied himself after school with a series of part-time positions and Boy Scout activities. The young Gacy had newspaper routes and worked in a grocery store as a bag-boy and stock clerk.
Gacy i klovne makeup
Selvom han ikke var et særligt populært barn i skolen, blev han ønsket af sine lærere og medarbejdere og havde fået venner i skolen og i sin dreng spejdertropp. Han forblev altid aktiv med andre børn og nød grundigt udendørs spejderaktiviteter. Gacy syntes at have en meget normal barndom med undtagelse af hans forhold til sin far og en række ulykker, der påvirkede ham.
Da Gacy var elleve år gammel, spillede han ved et svingesæt, da han blev ramt i hovedet af en af gyngerne. Ulykken forårsagede en blodprop i hjernen. Imidlertid blev blodproppen ikke opdaget, før han var seksten. Fra elleve til seksten til seksten led han en række blackouts forårsaget af koagulatet, men blackouts ophørte, da han fik medicin for at opløse blokeringen i hjernen.
I en alder af sytten blev Gacy diagnosticeret med en ikke-specifik hjertelidelse. Han blev indlagt på hospitalet ved flere lejligheder for sit problem i hele sit liv, men de var ikke i stand til at finde en nøjagtig årsag til den smerte, han led. Selvom han ofte klagede over sit hjerte (især efter sin arrestation), led han aldrig noget alvorligt hjerteanfald.
Under Gacy's sene teenagere led han en vis uro med sin far, skønt forholdet til sin mor og søstre var meget stærke. John Wayne Gacy, sr. Var en voldelig alkoholiker, der fysisk misbrugte sin kone og overfaldt verbalt sine børn. Selvom John Sr. var et ubehageligt individ, elskede Young Gacy dybt sin far og ønskede desperat at få sin hengivenhed og opmærksomhed. Desværre var han aldrig i stand til at komme meget tæt på sin far, før han døde, noget som han beklagede hele sit liv.