Rygte
Alt så ud til at se godt ud for John Wayne Gacy, Jr. endnu, hans heldige streg ville ikke vare for meget længere. Rygter spredte sig rundt i byen og blandt Jaycee -medlemmer om Gacy's seksuelle præference. Det så ud til, at unge drenge altid var i Gacy's tilstedeværelse. Alle hørte historierne om, at Gacy var homoseksuelle og lavede pas hos de unge drenge, der arbejdede for ham på fastfood -franchiserne. Alligevel nægtede folk tæt på ham at tro på sladderen, indtil maj 1968, da rygter blev sandheder.
I foråret 1968 blev Gacy tiltalt af en storslået jury i Black Hawk County for angiveligt at have begået sodomiens handling med en teenage dreng ved navn Mark Miller. Miller fortalte domstolene, at Gacy havde narret ham til at blive bundet, mens han besøgte Gacy's hjem et år tidligere, og havde voldsomt voldtaget ham. Gacy benægtede alle anklager mod ham og fortalte en modstridende historie, hvor han sagde, at Miller villigt havde seksuelle forhold til ham for at tjene ekstra penge. Gacy insisterede endvidere på, at Jaycee -medlemmer, der var imod ham, blev præsident for den lokale kapitelorganisation, stillede ham op.
Miller's var imidlertid ikke de eneste anklager, som Gacy skulle stå over for. Fire måneder senere blev Gacy tiltalt for at ansætte en 18-årig dreng til at slå Mark Miller. Gacy tilbød Dwight Andersson ti dollars plus 300 dollars til at betale sit billån, hvis han gennemførte slaget. Andersson lokkede Miller til sin bil og kørte ham til et skovklædt område, hvor han sprayede Mace i øjnene og begyndte at slå ham. Miller kæmpede tilbage og brød Anderssons næse og formåede at bryde væk og løbe i sikkerhed. Kort efter, at Miller ringede til politiet, blev Andersson hentet og taget i politiets varetægt, hvor han gav Gacy's navn som den mand, der ansat ham til at udføre slaget.
En dommer beordrede Gacy til at gennemgå psykiatrisk evaluering på flere mentale sundhedsfaciliteter for at finde ud af, om han var mentalt kompetent til at stille retssag. Ved evaluering viste det sig, at Gacy var mentalt kompetent. Han blev imidlertid betragtet som en antisocial personlighed, der sandsynligvis ikke ville drage fordel af nogen kendt medicinsk behandling. Kort efter, at sundhedsmyndighederne forelagde rapporten, påberåbte Gacy sig skyldig på anklagen om sodomi.
Da dommeren endelig afsagde dommen, modtog Gacy ti år ved Iowa State -reformatoriet for mænd, den maksimale tid for en sådan lovovertrædelse. John Wayne Gacy, Jr. var 26-årig-OD, da han gik i fængsel for første gang. Kort efter, at Gacy kom ind i fængslet, skiltes hans kone ham på den begrundelse, at Gacy krænkede deres ægteskabsløfter.
Mens han var i fængsel, holdt Gacy til alle reglerne og forblev langt fra problemer. Han var en modelfanger og indså, at der var en stor mulighed for en tidlig prøveløslatelse, hvis han forblev ikke-voldelig og velopdragen. Atten måneder senere blev Gacy's håb i opfyldelse: Hans prøveløslatelse blev godkendt. Den 18. juni 1970 forlod Gacy rammerne af fængselsporte og gik tilbage til sit fødested i Chicago.
